Le C.P.D.H.B.J.O. intègre 3 niveaux de proposition, d'étude et de consultation (les Chambres Syndicales et Fédérations Professionnelles, les Commissions permanentes et les Groupes de travail que celles-ci peuvent être amenées à créer), 1 niveau de décision (le Conseil d'administration) et 1 niveau d'exécution (les services permanents du Comité dirigés par le Délégué Général).

Le fonctionnement du C.P.D.H.B.J.O. repose sur les principes suivants :

>Une stricte délimitation des missions afin qu'elles soient complémentaires de celles des Chambres Syndicales et Fédérations Professionnelles sans empiéter sur leurs compétences.
>Une large et régulière concertation avec les entreprises de la filière : cette consultation se fait principalement au sein des Commissions - dont les membres sont représentatifs des différents secteurs concernés (fabrication, artisanat, distribution) - mais aussi par une forte implication des participants aux différentes actions collectives.

Au total, pour l'ensemble des Commissions, ce sont 200 professionnels environ qui participent aux structures de réflexion et de décision du Comité.

>Des orientations stratégiques claires. Les actions collectives menées par les Commissions spécialisées s'inscrivent dans un cadre stratégique, qui vise à développer les ventes en France et à l'étranger, à renforcer le potentiel industriel et à consolider la distribution, en s'appuyant sur les deux axes de différenciation principaux : la qualité et la création.
Qualité des produits et des services, création permanente inspirent l'ensemble des actions du Comité, comme les activités des entreprises tout au long de la filière production-distribution.
>Des décisions claires prises par le Conseil d'administration et une gestion budgétaire qui permet de connaître exactement le coût de chaque action mise en œuvre par le Comité.

Un contrôle très strict à 3 niveaux :

>les comptes du C.P.D.H.B.J.O sont certifiés par un Commissaire aux Comptes.
>En outre, un Commissaire du Gouvernement, représentant le Ministère de l'Industrie, et un Contrôleur Général Économique et Financier, représentant le Ministère de l'Économie et des Finances, assistent de droit à toutes les réunions du Conseil d'administration et des Commissions et disposent d'un droit de veto. Ils s'assurent de la conformité des décisions et des comptes avec les règles définies par les textes officiels.
>De plus, le C.P.D.H.B.J.O est soumis régulièrement au contrôle de la Cour des Comptes.